Cependant, malgré ses avantages, l’HAP présente des faiblesses. Sa résistance mécanique est relativement faible par rapport à d'autres céramiques techniques, ce qui peut limiter son utilisation dans des applications soumises à des charges élevées. De plus, elle est sensible à l'humidité et peut se dégrader au fil du temps en fonction des conditions environnementales.

Les applications industrielles de l'hydroxyapatite comprennent les revêtements d'implants, les ciments osseux, et les substituts osseux, ainsi que les applications en dentisterie, notamment pour les implants et les restaurations dentaires. L'HAP continue de faire l'objet de recherches pour développer des composites et des matériaux hybrides qui pourraient améliorer ses propriétés mécaniques tout en conservant sa biocompatibilité.